Die spätminoische Periode beginnt (bis ca. 1450 v. Chr.). Zwischen 1700 und 1600 v. Chr. wurden die älteren Paläste auf der Insel zerstört – wahrscheinlich durch ein schweres Erdbeben. In Knossos, Phaistos, Mallia, Hagia Triada und Zakros entstehen durch den Wiederaufbau monumentalere Gebäude. Die erreicht eine neue Blüte.
Die kretische oder minoische Kultur (nach dem sagenhaften König Minos) dominierte im Mittelmeer von etwa 2000–1400 v. Chr. und wurde von der mykenischen, festlandsgriechischen Kultur abgelöst. Trotz der Entzifferung der als Linear-B bezeichneten jüngeren Schrift liegen weite Bereiche dieser Kulturen noch im dunkeln. Insbesondere die Datierung bringt Probleme mit sich, da sie nur relativ ist und auf archäologischen Funden basiert. Die ausgegrabenen Palast- und Burgruinen sowie die Kunstgegenstände belegen aber den hohen Kulturstand von Kreta und Mykene sowie die ausgedehnten Handelsbeziehungen der Kulturen.
Die erste Palastzeit setzte auf Kreta um 2000 v. Chr. ein. Die Kulturträger wanderten vermutlich gegen 7000 v. Chr. aus Kleinasien ein und gründeten während der kretischen Frühzeit (2600–2000 v. Chr.) feste, stadtähnliche Ortschaften. Um die Agglomerationspunkte der Siedlungen entstanden nun Paläste, die als wirtschaftliche, politische und religiöse Zentren fungierten. Fünf dieser Bauten sind bisher bekannt (Knossos, Kato Zakros, Mallia, Phaistos und Hagia Triada). Ermöglicht wurde dieser Aufschwung wahrscheinlich durch die Zerstörung des mächtigen kleinasiatischen Troja II um 2200 v. Chr. und dem Niedergang der Kykladenkultur auf den Ägäischen Inseln. Die minoischen Herrschaftszentren verfügten über eine eigene Flotte, die in den folgenden Jahrhunderten das Mittelmeer beherrschte und die weit reichenden Handelsverbindungen schützte. Ägypten, die syrischen Küstenstaaten, das griechische Festland und wahrscheinlich auch der westliche Mittelmeerraum standen den kretischen Händlern offen. Erdbeben und Flutkatastrophen sowie nachfolgende Feuersbrünste beendeten diese erste Blütezeit und zerstörten die Paläste um 1700 v. Chr.
Der Wiederaufbau wurde offenbar sofort in Angriff genommen und mündete in noch prachtvollere Palastbauten. Die Verwaltung wurde ausgebaut und ermöglichte eine neue Hochphase der Machtentfaltung, die ihren Höhepunkt im 16. Jahrhundert v. Chr. fand: Kreta stand auf dem Gipfel seiner Macht. Es besaß Handelsstützpunkte auf Ägina, Keos, Kythera, Melos, Rhodos, Thera und in Milet. Handelskontakte reichten im Westen bis zu den Lipardischen Inseln nördlich Sizilien und im Osten bis zum Mitanni-Reich im mesopotamischen Raum. Für das 15. Jahrhundert v. Chr. lassen sich erste mykenische Einflüsse nachweisen, die sich u. a. in der Anlage von bisher auf Kreta unbekannten Kriegergräbern dokumentieren. Daneben ist eine Änderung im Kunststil des Palastes von Knossos zu beobachten, der vielleicht eine Art Hauptzentrum war. Einschneidendste äußere Veränderung war jedoch die Überformung der seit 1700 v. Chr. gebräuchlichen Linear-A-Schrift (noch nicht sicher entziffert) durch Linear-B. Wahrscheinlich haben achäische, mykenische Griechen in ihrer Eigenschaft als Schreiber auf Kreta die minoische Schrift der frühgriechischen angepaßt. Parallel zu diesen Veränderungen vollzog sich ein erneuter Niedergang, der möglicherweise durch einen Ausbruch des Vulkans auf Santorin verursacht wurde (um 1500 v. Chr.). Ungeklärt ist die Ursache für den großen Palastbrand in Knossos um 1400 v. Chr., der das Ende der kretischen Kultur markiert.
Die mykenische Kultur blühte zur Zeit des Untergangs der kretischen Minoer auf. Namensgebend wurde ihr wichtigstes Machtzentrum Mykene, dessen Ruinen südlich von Korinth liegen. Sie war im gesamten südlichen Raum Griechenlands verbreitet und strahlte im Norden bis Thessalien, im Westen bis Ionien aus. Definierendes Element für diese Frühgriechen sind die Schachtgräber, die erstmals um 1600 v. Chr. angelegt wurden. Ihre Grabbeigaben zeugen vom immensen Reichtum der Oberschicht. Die Herkunft der Träger der mykenischen Kultur ist nicht genau bekannt. Sie besaßen aber sicher einen hohen technischen Wissensstand, insbesondere in der Metallverarbeitung, die ihnen auch eine militärische Überlegenheit über ihre Nachbarn sicherstellte. Ihr Reichtum basierte wahrscheinlich anfangs auf kriegerischen Raubzügen, die jedoch zugunsten von Handelsbeziehungen reduziert wurden. Neben Mykene prägte sich die Kultur besonders stark in Pylos, Theben, Tiryns, Athen, Iolkos und Orchomenos aus. Die Mykener erbten gewissermaßen die kretische Seeherrschaft und unterhielten Handelskontakte mit Sizilien, Süditalien, Zypern, Kleinasien, Syrien, Palästina und Ägypten. Um 1200 v. Chr. wurden mykenische Burgen geplündert und von unbekannten Invasoren niedergebrannt. Die Kultur verschwand im Rahmen der einsetzenden Ägäischen und Dorischen Wanderungen.
Beide Kulturen weisen eine Reihe von Ähnlichkeiten in Kunst, Religion und Architektur auf. In beiden Kulturen spielte der Palast als Zentrum der Macht eine große Rolle. Auf Kreta waren die Bauten künstlerischer und offener ausgelegt. Im mykenischen Kulturkreis waren die Herrschaftszentren in aller Regel stark befestigt und in strategisch günstigen Hochlagen angesiedelt. Auf Kreta wurden die Menschen in Göttergestalt verehrt, Kultbilder fehlen völlig. Viele der Götter waren weiblich, ebenso wie viele der Tonfiguren und Darstellungen auf Fresken und Steinsiegeln. Wahrscheinlich besaßen die Frauen in der Gesellschaft einen hohen Rang. Heiliges Tier war der Stier, der mittels einer häufig dargestellten Doppelaxt als Opfer getötet wurde. Regelmäßig fanden Stierspiele statt, die wahrscheinlich kultische Bedeutung hatten und in deren Verlauf Frauen und Männer akrobatische Kunststücke auf den frei laufenden Tieren absolvierten. Die Festspiele sind auf Vasen dokumentiert. In Mykene findet sich ebenfalls in religiösen Darstellungen die Doppelaxt. Dennoch entwickelt sie sich weit gehend eigenständig und nimmt die griechische Mythologie voraus. Zeus, Hera, Ares und Athena werden als Götter genannt.
