Nicht geklärt ist, ob flöten gehen ursprünglich „als Flötenspieler umherzuziehen beginnen“ bedeutet oder ob die weniger offensichtliche Bedeutung „zum Urinieren gehen“ zugrunde liegt. Für diese jedoch spricht, dass es im 17. Jahrhundert im Niederländischen eine Wendung gab, die weggaan om te fluiten „urinieren gehen“ lautete. Flöte und Penis werden vom Volksmund aufgrund ihrer Form oft miteinander gleichgesetzt – nicht umsonst heißt ein Arzt für Geschlechtskrankheiten umgangssprachlich bisweilen Flötenklempner. Die Herleitung des Bestandteils flöten vom hebr. peleta „Entrinnen, Rettung“, das über das portugiesische feleta ins Niederländische und von dort weiter nach Osten gelangt sein soll, ist weitaus unwahrscheinlicher, zumal im Ndrl. heute für „verschwinden“ ebenfalls die Wendung fluiten gaan gebraucht wird.