Die Geschlechter der jeweiligen Flussnamen wurden schon in früher Zeit entschieden - bei einigen Flussnamen vor etwa 3000 Jahren. Bei der Eingliederung in ein Geschlecht geht es im Grunde um alte Deklinationsklassen, die bereits bestanden, noch bevor sich die germanische Sprache entwickelte. Geht man von einer indogermanischen (indoeuropäischen) Grundsprache aus, entstand die Aufgliederung in männliche und weibliche Flussnamen etwa in der Zeit um 1000 v. Chr.
Ein Gewässername entstand aus dem ursprünglichen Wortstamm, kombiniert mit einer Endung für das Geschlecht. Die schlichteste Form der Gewässernamen ist »die, dass an ein wurzelhaftes Element ein einfaches, den Flexionsnamen abgebendes -a antritt, so dass feminine Gebilde entstehen wie Aisa und Isa, Nida und Neida (...)« (H. Krahe, Unsere ältesten Flußnamen, Wiesbaden 1964). Daraus entsteht in der deutschen Sprache z. B. die Nidda, die Saale, die Elbe usw.
H. Krahe fährt fort: »Sehr viel seltener und fast ausschließlich auf südliche Bereiche beschränkt (vgl. Würzburger Jahrbuch f. d. Altertumswissenschaft 1, 1946, 79-86; Beiträge zur Namensforschung 2, 1951, 217-227) finden sich Masculina auf ursprüngliches -os, so Abos, Apos usw.« Dadurch entstanden jeweils die männlichen Flussnamen wie Main (alt Moinos) usw.