Das hügelige Alpenvorland südlich der Donau baut sich aus Sedimenten auf, die sich in einer Randsenke der Alpen abgelagert haben. Eiszeitliche Gletscher haben hügelige Moränenlandschaften und weite Schotterplatten geschaffen. Rinnenseen und Zungenbeckenseen wie der Bodensee, der Ammersee und der Starnberger See, der Tegern- und der Chiemsee sind Zeugen dieser Gletscheraktivität. Den Seen schließen sich nach Norden die Endmoränenzüge der letzten Eiszeit an. Nördlich davon erstreckt sich mit der Iller-Lech-Platte und der Münchner Ebene das Altmoränengebiet. Außerhalb des Einzugsgebietes der Gletscher treten ältere hügelige Ablagerungen an die Oberfläche. Sind diese wie im Dungau südöstlich von Regensburg mit Löß bedeckt, bilden sie fruchtbare Ackerböden. Im restlichen Alpenvorland erschweren nährstoffarme Böden den Ackerbau, so dass die Viehwirtschaft weithin dominiert. Das von zahlreichen Mooren durchsetzte Alpenvorland wird von Bergmischwäldern bedeckt, die auf Kalkschottern in reine Kieferwälder übergehen. Das Alpenvorland steigt von der Donau bis zum Alpenrand von 300 m auf 800 m Höhe an.

Die deutschen oder Bayerischen Alpen beschränken sich auf den nördlichsten Abschnitt der Nördlichen Kalkalpen zwischen Bodensee und Salzach. Das Gebirge steigt vom Alpenvorland über die waldreichen, rundlichen Flyschvorberge bis zum Wettersteingebirge an, wo mit der 2962 m hohen Zugspitze Deutschlands höchster Berg liegt. Höchster Gipfel der Allgäuer Alpen ist die Hochfrottspitze (2649 m), in den Berchtesgadener Alpen der Watzmann (2713 m). Die eiszeitliche Vergletscherung hat Kerbtäler zu Trogtälern umgeformt und unter den spitzen Berggipfeln teils mächtige Kare entstehen lassen. Auch der Königssee in den Berchtesgadener Alpen verdankt seine Entstehung der Arbeit von Gletschern.

In den deutschen Alpen überwiegen Bergmischwälder mit Buchen, Bergahorn und Fichten. Mit zunehmender Höhe nimmt der Anteil der Nadelbäume zu. Oberhalb der Waldgrenze in etwa 1800 m Höhe schließt sich ein Krummholzgürtel an, der dann in einen Zwergstrauchgürtel und schließlich in alpine Matten übergeht.